Здравствуйте, Сергей.

В описанном Вами случае Вашему отцу как нанимателю данного жилого помещения надо обращаться в районный (городской) суд по месту нахождения его квартиры с исковым заявлением о признании не проживающих в этой квартире дочери и её сына утратившими право пользования данным жилым помещением и снятии их с регистрационного учёта в нём.

При этом ему (Вашему отцу) надо будет доказать, что названные выше дочь и её сын давно выехали из данной квартиры, сделав это без какого-либо понуждения со стороны нанимателя и других проживающих в квартире граждан, родственные связи с ними оборвались, вследствие чего сестра и её сын перестали быть членами семьи нанимателя, и что они не участвуют в оплате жилищно-коммунальных услуг по этой квартире.

Дела такого рода обычно представляют собой определённую юридическую сложность, в связи с чем оценить шансы Вашего отца выиграть данное судебное дело достаточно сложно. Исходя из содержания Вашего вопроса, эти шансы являются высокими. Чтобы повысить их, Вашему отцу или Вам лучше обратиться к очной помощи квалифицированного юриста, хотя найти образцы соответствующих исковых заявлений Вы можете сами в различных поисковых системах интернета.

Всего доброго.