Здравствуйте Елена. Так вы увольняетесь или переводитесь в филиал организации? Если вы увольняетесь, то вправе обратиться с заявлением об увольнении и при наличии на то оснований, уйти на больничный. Период вашего нахождения на больничном будет засчитан в период отработки. Лишить вас зарплаты не могут вообще ни при каких условиях. если имеет место перевод, то странно, что вас вообще заставляют отрабатывать, так как в случае перевода внутри 1 организации, трудовые правоотношения не прекращаются. Спасибо за обращение и всего Вам доброго.