Решать увольняться вам по собственному желанию или нет, только вам. Если полагаете, что требования работодателя незаконны, отказывайтесь в добровольном порядке возмещать недостачу, но при этом будьте готовы к участию в судебном разбирательстве в качестве ответчика. Всего доброго.